1964 yılında Bronx'taki St. Nicholas Kilisesi, Rahip Brendan Flynn'ın alışılmışın dışında bir yaklaşım sergilemesiyle sarsılıyor. Korku ve disiplin yerine, daha insani bir tutum benimsiyor. Ancak Rahibe Aloysius Beauvier, geleneklere sıkı sıkıya bağlı kalıyor. Değişime karşı sert bir duruş sergiliyor. Donald Miller adında bir siyahi öğrenci, bu beyazların egemen olduğu okula kabul ediliyor. Bu durum, okulda gergin bir atmosfer yaratıyor.
Rahibe James, Peder Flynn ile ilgili şüpheli bir durumu Rahibe Aloysius'a aktarıyor. Peder Flynn'ın Donald'a karşı olan davranışları, bazıları tarafından sorgulanıyor. Rahibe Aloysius, bu şüpheleri ciddiye alıyor ve gerçeği ortaya çıkarmak için harekete geçiyor. Okulda ve kilisede büyük bir gerilim baş gösteriyor. Herkes bir taraf tutuyor, Peder Flynn'ın durumu belirsizleşiyor.
Rahibe Aloysius, kararlılıkla mücadele ediyor. Bronx'un St. Nicholas Kilisesi, beklenmedik olaylarla sarsılıyor. Bu öykü, sessiz sedasız ilerleyen bir çatışmayı gözler önüne seriyor. Herkesin bir şeyler sakladığı bir ortamda, gerilim artıyor. Peder Flynn ve Rahibe Aloysius arasındaki çatışma, derinleşiyor.